La historia transcurre en el año 2046, en un mundo en el que lo virtual es omnipresente, gracias sobre todo alos "neuroenlaces".El protagonista se llama Haruyuki, o más sencillamente Haru para sus allegados, y es el blanco de los matones de su instituto. Su único placer es un juego virtual parecido al squash, en el que destaca... hasta el día en que es derrotado por una misteriosa joven. La chica resulta ser Kuroyukihime, uno de los miembros del consejo estudiantil, y la razón por la que ha batido su puntuación es para pedirle ayuda. Haru está un poco indeciso, así que ella le presenta un curioso juego llamado"Brain Burst", que resulta ser mucho más que un simple juego: quienes poseen este software son capaces de trasladarse a un mundo virtual en el que 1 segundo en el mundo real corresponde a 16 minutos y 40 segundos. Pero para conservar este poder, hay que luchar y ganar puntos. La aventura de Haru en este nuevo mundo no ha hecho más que empezar.